中国科学技术信息研究所每年出版的《中国科技期刊引证报告》（核心版） 发布中国科技论文与引文数据库（CSTPCD）收录的中国科技核心期刊的二十余项文献计量指标，并从 1999 年开始以此为基础，研制了中国科技期刊综合评价指标体系，采用科学计量学方法，并由专家打分确定了重要指标的权重，分学科对每种期刊进行综合评定。
2001年中信所公布第一届中国百种杰出学术期刊名单，自此之后，连续每年公布中国百种杰出学术期刊。近年来，以期刊评价为主题先后召开了三十余次不同学科、不同层面的专家研讨会。2019 年根据指标体系实施应用以来我国学术期刊的变化趋势和实际状况，修订了期刊指标体系，对指标权重进行了重新核定。根据中国科技核心期刊分类体系的细分调整，自然科学领域共设立 112 个学科分类，遴选过程中，择优选择各学科类别中最重要的期刊作为杰出学术期刊，同时考虑到不同学科的性质和期刊规模，适当调整学科间分配的比例。最终评选出 2020 年中国百种杰出学术期刊 100 种。评选结果见附件。
